Amyderýa döwlet tebigy goraghanasy Lebap welaýatynyň demirgazyk-gündogar çäginde ýerleşýär. Bu ýerde Amyderýa töweregi, derýanyň kenarlaryndaky jeňňeller we bioköpdürli ekoulgamlar bar. Olaryň golaýynda gum depeleri, seýrek gyrymsy agaçly şorluklar we batgalyk-sonar ýerlerde gögerýän dürli ösümlikli çyg arnaly takyrlar ýerleşýär.

Halaç we Kerki etraplarynyň çäklerindäki 103 müň gektär ýeri tutýan Kelif döwlet tebigy çäkli goraghanasy Amyderýa goraghanasynyň hataryna girýär. Ol suwly-batgalyk ýerlerde ýaşaýan guşlaryň gyşlaýan möhüm sebitini we Kelif kölleriniň tutuş tebigy toplumyny goramak maksady bilen döredildi. Bu ýerdäki ekoulgamlaryň tebigy ösüşi derýanyň gidrologik ýagdaýy bilen baglanşyklydyr, ol uzak geçmişde ugruny üýtgedipdir we täze gollaryny döredipdir, şeýle hem wagtal-wagtal joşupdyr.

Derýanyň kenarlaryndaky gyrymsy agaçlar we iri otlar netijesinde gür jeňňellik emele gelipdir. Bu ýerde damarly ýokary ösümlikleriň 200-den gowragy bar. Tebigaty goramagyň Halkara birleşiginiň Gyzyl sanawyna girizilen çal derek, şeýle hem 2005-nji ýylda tapylan, Türkmenistanyň Gyzyl kitabyna girizilen paporotnik—müsür marsiliýasy has seýrek duşýan ösümliklerdir. Alymlar ösümlikleriň 80 görnüşini ýüze çykardylar, olaryň köpüsi ilkinji gezek ýazylyp beýan edildi. Agaçlaryň ýokarky böleginde köpsanly jüýkburun tomzaklar, gum depelerinň arasynda tomzaklaryň, gije kebelekleriniň, torjumak ganatlylaryň, garynjalaryň ençeme görnüşi duş gelýär.

Amyderýa goraghanasy möwsümleýin göçýän geçegçi guşlaryň ýolunda ýerleşýär. Ýylyň dürli möwsümlerinde olaryň 260-a golaý görnüşine duşsa bolýar. Jeňňellerde Amyderýa sülgüni, çölde – torgaý, çekeýik, bagyrtlak ýaşaýar. Kert ýerlerde gögerçin, hüýpüpik we beýleki guşlar höwütrgeleýärler. Çal hem-de çypar hokgar, süti suwa golaý ýerleri mekan tutýarlar. Goraghananayň çöl böleginde Orta Aziýa pyşdyly (Tebigaty goramagyň Halkara birleşiginiň Gyzyl sanawyna girizilen), çöl suwulgany, as, okýylan giňden ýaýrandyr. Amyderýa goraghanasynyň çäginde torjumak patma we göklors ýaly Gyzyl kitaba girizilen süýrenjiler hem ýaşaýar.