Амударьинский государственный природный заповедник расположен в северо-восточной части Лебапского велаята Туркменистана на площади в сорок восемь тысяч гектаров. Здесь представлены разные комплексы экосистем по ландшафту и составу биоразнообразия: акватория реки Амударья, тугайный лес по берегам реки и пустыня Кызылкумы. Рядом сосуществуют барханные пески, солончаки с редкими кустарничками и такыры с увлажненными поймами, где богато разрослась болотно-луговая растительность.

В ведении заповедника находится Келифский государственный природный заказник, занимающий площадь 103 тысячи гектаров на территории этрапов Халач и Атамурат. Заказник образован в целях охраны важного района зимовки водно-болотных птиц и всего природного комплекса Келифских озер. Существование и естественное развитие здешних экосистем тесно связаны с гидрологическим режимом реки, которая в далеком прошлом меняла русло и пробивала новые свои рукава, а также с периодическими паводками.

По берегам реки древесно-кустарниковая растительность и крупнотравье образуют труднопроходимые густые и богатые джунгли. Здесь выявлено свыше 200 видов высших сосудистых растений. Особо редкими здесь являются включённые в Красный список Международного Союза охраны природы (МСОП) тополь сизолистный, а также обнаруженный в 2005 году папоротник – марсилия египетская, который занесён в Красную книгу Туркменистана. Животный мир тугайного леса довольно своеобразен. Учёными выявлено 80 видов пауков, многие из которых описаны впервые. В кронах деревьев многочисленны жуки-долгоносики, а среди барханов большим разнообразием видов отличаются жуки-чернотелки, ночные бабочки, сетчатокрылые, муравьи и жужелицы.

Территория Амударьинского заповедника располагается по пути следования сезонных миграций перелетных птиц. В различные сезоны года в пределах заповедника их можно насчитать до 260 видов. В тугаях постоянно живёт амударьинский фазан, в пустыне - звонкий жаворонок, каменка, чернобрюхие рябки. На обрывах останцев гнездятся сизый голубь, щурка, сизоворонка, удод. У воды держатся серая и рыжая цапли, зимородок, различные виды кулика. В пустынной части заповедика распространена среднеазиатская черепаха (занесена в Красный список МСОП), степная агама, песчаная круглоголовка, сетчатая ящурка, стрела-змея. На территории Амударьинского заповедника обитают «краснокнижные» рептилии сетчатая круглоголовка и гюрза.